За кошевства Калнишевського поділ запорожців на дуків (старшину) та голоту, або "чернь", ще дужче зміцнився і поставив більшість запорожців у залежність од меншості.
За Калнишевського ж занепав і віковічний звичай військовий — обрання щороку вільними голосами кошового отамана. Російський уряд давно лихим оком дивився на те, що Запорозьке Військо на своїх радах старшинує над старшиною і вибирає собі нову старшину, скидаючи часом тих, хто був до вподоби російському урядові, й аж двічі вже надходили накази Війську, щоб не сміло змінювати старшину без дозволу. Калнишевський був відомий самій цариці, й це дало рацію січовій старшині пустити поголоску, що Військо Запорозьке тільки й тримається на Калнишевському й коли б Військо скинуло його з кошевства, то зараз було б скасоване й Запорожжя. Через те, боячись за долю всього Війська, запорожці, починаючи з 1765 року, не скидали Калнишевського з уряду, хоч на нього й на іншу старшину було незадоволення "черні", і він порушував одвічні військові звичаї, за такі вчинки на Старій Січі кошового вкинули б у річку.
УЧАСТЬ ЗАПОРОЖЦІВ У ВІЙНІ РОСИ 3 ТУРЕЧЧИНОЮ
Починаючи року 1769-го нову війну з Туреччиною, Катерина II прислала Калнишевському і всьому Війську Запорозькому грамоту, в якій, між іншим, писала: "Ми вважаємо (запорожців) найзичливішими нашими підданими й за першої нагоди Височайшу нашу милість всьому нашому вірному Війську Запорозькому Низовому вчинимо".
Кримський хан Крим-Гірей теж мав надію прихилити запорожців на свій бік і взимку 1768 року без ніякого окупу пустив на Січ усіх запорожців та чумаків з України, що були під час розмиру захоплені в Криму і вже навіть продані в неволю.
Ці заходи нічого не дали, бо перш за все Калнишевський був щирим прихильником російської зверхності й міцно тримав владу у своїх руках; по-друге ж, після виходу із Січі в монастир Пилипа Федорова партія турецької зверхності не мала жодного видатного представника й занепала.
В січні 1769 року кримський хан розпочав війну проти Росії, щоб не зустрітися на поході із запорожцями, обійшов поза Бугом і наскочив на Ново-Сербію. Всі новосербські й пікінерські полки позалишали свої оселі й засіли у фортеці святої Єлизавети; слобожани ж покидали все своє збіжжя й побігли у Чорний ліс. Татари перейшли Буг льодом, попалили всі слободи й Запорозьку Гардову паланку і в лютому вже повернулися назад за Буг.
По весні Калнишевський вислав 38 військових байдаків та 1700 душ товариства під проводом Пилипа Стягайла стежити за ворогами на устях Дніпра та на лиманах; сам же мав думку обороняти південні кордони Запорожжя, та тільки не міг того зробити, бо 9 червня 1769 року він отримав од київського губернатора Румянцева такого листа: "Зважаючи на рух ворогів .до наших кордонів, наказую вам ("повелеваю") з усім Запорозьким Військом негайно рушити із Січі битим шляхом на фортецю святої Єлизавети й поміж річками Зеленою та Довгою, біля балки Широкої, отаборитись до наступного наказу".
Таким чином. Військо Запорозьке, якому ніколи не сміли наказувати навіть гетьмани і яке за часів Старої Січі листувалося безпосередньо з державцями, діставало тепер накази від губернатора й мало виконувати їх, хоч би вони були й зовсім нерозумні, як сталось і цього разу.
Як тільки татари довідались, що кошовий із 7350 запорожцями вийшов із Січі на захід, умить же двома ордами наскочили на Запорожжя. Перша хотіла перевезтися через Дніпро біля устя Кам'янки, щоб напасти прямо на Січ, але тут Стягайло з військовими байдаками перешкодив татарам на перевозі і навіть потопив деякі їхні судна разом із людьми. Друга орда таки продерлася крізь російське військо генерала Б ерга, що стояло понад річкою Конкою, наскочила на запорозьку Кальміуську паланку, і хоч запорожці завзято оборонялися, але татари всіх їх перебили й, подавшись на північ, поруйнували Самарську, Протовчанську й Орельську паланки. Полковник Порохня, що був на лівобережних запорозьких землях, мав у всіх паланках всього 1260 козаків, та й ті були розкидані, через те він не зміг оборонити лівобережного Запорожжя, й татари попалили багато зимівників та слобід, забрали в неволю понад 300 душ, і між ними 60 запорозьких дідів-пасічників, та до того, ще зайняли 22 000 голів запорозької худоби, з якої 600 коней самого кошового. Незважаючи на таку небезпеку для Запорожжя, Калнишевський мав був іти на Буг і звідтіля вислати в авангард війська генерала Зорича 1000 запорожців під проводом старшин Андрія Ляха та Олекси Чорного. В серпні із наказу Румянцева, він кинув ще два загони на поміч генералові Зоричу: один під проводом Павла Головатого під Очаків і другий під проводом Андрія Носача — до Дністра.
Таким чином усе Запорозьке Військо було поділене на дрібні загони, воювало без власної ініціативи й було тільки на послугах у війська російського, ведучи йому перед та показуючи шляхи, криниці, місця для таборів тощо. Проте всі відділи запорожців воювали сміло і стали російському військові у великій пригоді, а один з тих відділів, який од Носача перейшов до Семена Галицького, повернувся восени на Січ навіть з великою здобиччю, пригнавши 18 бранців, 20000 коней, 1000 рогатої худоби, 4000 овець та 180 верблюдів. Частину здобичі було одіслано Кошем у подарунок Румянцеву й сенаторам; решту ж поділили військом, як звичайно.
Щасливий ще похід стався в листопаді 1769 року під орудою полковника запорозького Колпака. Він вистежив татар біля річки Вовчої, розгромив їх упень і захопив корогву та 170 коней.
У листопаді Калнишевський із головним військом урочисто вступив у Січ. Наказний кошовий Іван Бурное із старшими дідами зустрів військо верхи біля Багнової могили, коли ж військо наблизилось до самої Січі, то на січових баштах стали палити з гармат.
На зиму запорожці розіслали в степи бекети й поставили на могилах "хвигури": 1) біля устя річки Кам'янки; 2) на низу Дніпра в урочищі Скалозубовім; 3) за Дніпром, проти Січі, на урочищі Темному; 4) над Дніпром, на Лисій горі; 5) на урочищі Городищі (Кам'яний Затон); 6) в Голій Пристані на Дніпрі; 7) над Дніпром, в урочищі Тарасівському; 8) в урочищі Біленькому; 9 та 10) на Дніпрових островах — Хортиці й Дубовому, що між порогами; 11 — 16) понад Самарою: біля Ново-Богородського ретраншементу, в урочищі Садках, у Вільному, в урочищі Лучині, в Журавському й в урочищі Богдановому. Опріч бекетів біля хвигур, запорожці об'їздили ще сю зиму степи окремими чатами, бо відомо, що вони відвідували річку Гайчур та могили Барабашеву й Токмак.
Доки військо перебувало зиму на Січі, поміж запорожцями знову вибухнуло незадоволення старшиною, найбільше з приводу того, що військо на війні було на послугах російському війську та генералам, які часом поводились із запорожцями і навіть з їхніми полковниками та старшиною дуже нечемно, та ще з приводу того, що Калнишевський, як казали козаки, "підслуговуючись Москві", покинув без війська східні запорозькі землі й призвів їх до руїни, а чимало товариства — до загину.
У грудні року 1769-го під час обіду в Корсунському курені козак Дорошенко почав дорікати отаману Петрові Остроуху та колишньому кошовому Скапі за те, що вони допомагають "москалеві", гнітять товариство, і зрештою назвав їх обох зрадниками; після обіду ж, коли Скапа почав Дорошенкові погрожувати, козаки побили Скапу, кажучи, що він, їздивши в Москву "складати закони", продав запорозькі вольності за того портрета (медаль), що носить на грудях. Калнишевський звелів Дорошенка і всіх, хто бив Скапу, заарештувати, і всупереч із звичаями Війська Запорозького, віддав їх на суд комендантові Ново-Січового ретраншементу. Цим учинком отаман показав, яка різниця була між ним та кошовим Іваном Сірком. Той уперто обстоював незалежність військового запорозького суду од російської влади, кажучи, "як ми видамо одного (самозванця Сімеона), то Москва всіх нас поодинці розтягає"; Калнишевський же сам порушив ту незалежність без вимог навіть із боку російського уряду.
Незадоволення кошовим спалахнуло знову, коли Калнишевський в березні 1770 року виступав у похід. Корсунський курінь не захотів іти слідом за кошовим, вимагаючи, щоб раніше було визволено із в'язниці Дорошенка та його товаришів. Наказний отаман Косап почав умовляти корсунців, але вони, дійшовши до річки Базавлука, отаборилися там і стали вибирати собі нового отамана. Щоб приборкати корсунців, Калнишевський із походу попросив генерала Паніна заарештувати бунтарів російським військом й заслати їх за непокору "на Сиберію". Так воно й сталося, і чимало запорожців Корсунського куреня загинуло в Сибіру на каторзі.
З цих випадків видно, що Калнишевський, як і колись Мазепа, Самойлович та Брюховецький, підтримав свою владу на Січі не власним впливом на громаду, а силою російського уряду та війська.
Останній вчинок украй одвернув од нього запорожців і в березні того ж року Щербинський курінь змовився, щоб Калнишевського вбити та, обравши кошовим отаманом Пилипа Федорова, перейти під протекцію турецького султана. Змова ця почала поширюватись у війську, та про неї довідався один із січових священиків і застеріг Калнишевського, а той ужив заходів, щоб завчасу загасити бунт.
На початку року 1770-го все Запорозьке Військо було поділене на три частини. Головне військо — 7352 козаків із Калнишевським на чолі було віддане під команду князя Прозоровського. Друге військо — Низове, 2930 козаків — під керуванням військового старшини Третяка — на чотирьох десятках байдаків випливло в лиман під Очаків; нарешті, третя частина війська — 995 козаків — під орудою полковника Порохні стала під команду генерала Берга, військо якого стояло на річці Конці.
З першого війська ватаги комонних запорожців об'їхали всі степи біля Очакова, здобули його передмістя, причому 10 запорожців було вбито та 27 поранено, і дійшли до Дністровського лиману. Виявилось, що татари поховались у фортецях та за Дністром і навіть худобу свою позаганяли так, що запорожцям небагато дісталося здобичі.
Запорозькі байдаки з полковником Третяком ціле літо вишукували ворогів у лиманах і мали зачіпку з турками біля Кінбурзького замку. Зачувши на Кінбурзі стрілянину, з Очакова випливли 11 турецьких кораблів і погнались за запорожцями.